Nacido en Buenos Aires, Argentina, obtiene una beca para continuar sus estudios musicales en el Conservatorio Nacional de Sofía, Bulgaria, donde se gradúa como Director de Orquesta. Como tal es invitado por el Ballet Nacional de Cuba (Ballet de Alicia Alonso) y colabora como director musical de la compañía durante varios años. Realiza estudios de composición y música electrónica en el Instituto Torcuato di Tella de Buenos Aires. Su primera composición electrónica, La Panadería (1970), obtendría más adelante importantes premios internacionales. En Francia recibe en 1974 un doctorado en Estética de la Universidad de París VIII. Desde entonces, Eduardo Kusnir alterna actividades de compositor, intérprete y docente. Ha sido dos veces profesor visitante de la Universidad de Puerto Rico (de 1977 a 1978 y de 1995 a 1998), fundador de la cátedra de música electroacústica del Conservatorio Nacional de Música Juan José Landaeta, en Caracas, profesor de la Escuela de Artes de la Universidad Central de Venezuela (país en el que residió durante 17 años), y co-fundador del CEDIAM (Centro de Documentación e Investigaciones Musicales de la U.C.V.). Como compositor, Kusnir ha cultivado la creación electroacústica, es autor de obras de cámara y orquestales, generalmente con elementos teatrales incorporados, dentro de una poética de humor e ironía.  Desde 2001 reside en Buenos Aires y es miembro del Instituto Nacional de Musicología “Carlos Vega”, encargado del laboratorio de restauración sonora.